SCIEX和Illumina 共同研發(fā)整合蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)

近，美國(guó)的三個(gè)研發(fā)機(jī)構(gòu)發(fā)布了分析和比較蛋白質(zhì)組學(xué)和基因組學(xué)數(shù)據(jù)的新應(yīng)用，這些應(yīng)用方法是OneOmics項(xiàng)目的一部分。OneOmics是Illumina和SCIEX的合作項(xiàng)目。

為了消除不同組學(xué)之間的信息壁壘，OneOmics項(xiàng)目將SCIEX基于新一代蛋白質(zhì)組學(xué) 的SWATH 采集系統(tǒng)和Illumina公司基于BaseSpace云計(jì)算的新一代測(cè)序數(shù)據(jù)相結(jié)合。Advaita Bioinformatics注：小抗拉強(qiáng)度值不是鏈條的工作載荷公司、系統(tǒng)生物學(xué)研究所和耶魯大學(xué)的研究人員也在采用SWATH蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)開(kāi)發(fā)云技術(shù)對(duì)與國(guó)內(nèi)實(shí)驗(yàn)機(jī)廠家來(lái)講的應(yīng)用程序和數(shù)據(jù)庫(kù)。

系統(tǒng)生物學(xué)研究所副教授Rob Moritz帶領(lǐng)團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了SWATHAtlas Ion Library Gen"飛機(jī)減重能夠節(jié)省燃料本錢(qián)erator應(yīng)用程序，它提供了快捷進(jìn)入ISB數(shù)據(jù)庫(kù)的方法，為具有SWATH采集系統(tǒng)的NGP服務(wù)。目前，ISB數(shù)據(jù)庫(kù)已經(jīng)包括了人、酵母和結(jié)核桿菌蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)庫(kù)。我們很高興成為SCIEX和Illumina合作項(xiàng)目的一部分， Moritz說(shuō)，ISB和整個(gè)學(xué)術(shù)界開(kāi)發(fā)的這些應(yīng)用程序提供了一個(gè)強(qiáng)大的解決方案，這不僅給蛋白質(zhì)組學(xué)研究道路帶來(lái)很大影響，而且將會(huì)建成系統(tǒng)生物學(xué)數(shù)據(jù)系統(tǒng)。

Advaita公司為BaseSpace平臺(tái)研發(fā)了iPathwayGuide分析包。該應(yīng)用分析包可以用作生化途徑分析、GO分析、miRNA預(yù)測(cè)、藥物和疾病分析。它簡(jiǎn)化了從整合蛋白質(zhì)組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)尋找生物數(shù)據(jù)的過(guò)程，并將有助于推進(jìn)生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)和疾病研究。

耶魯大學(xué)的Chris Colangelo和Rob Kitchen共同為BaseSpace平臺(tái)開(kāi)發(fā)了RNASeq應(yīng)用程序。這個(gè)應(yīng)用程序能將一個(gè)Illumina的RNASeq實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為一種蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)組，得到的數(shù)據(jù)可以為建立SCIEX SWATHTM采集系統(tǒng)數(shù)據(jù)庫(kù)。因此，它是一個(gè)更有針對(duì)性的蛋白質(zhì)組學(xué)分析方法，這對(duì)某特殊疾病的遺傳學(xué)研究者來(lái)說(shuō)非常有用。這一系列工作流程是系統(tǒng)生物學(xué)研究的普通需求，但直到現(xiàn)在只有少數(shù)專(zhuān)業(yè)的實(shí)驗(yàn)室能滿足這些復(fù)雜的生物信息學(xué)條款。

SWATHTM采集系統(tǒng)使研究人員能夠準(zhǔn)確、多次的從成百的樣品中定量數(shù)以千計(jì)的蛋白質(zhì)，從而得到在不同環(huán)境刺激下蛋白質(zhì)組的變化等非常有意義的結(jié)論。 SCIEX公司的理論與臨床研究業(yè)務(wù)總監(jiān) Aaron Hudson說(shuō)，下一步是將得到的這些蛋白質(zhì)組學(xué)的結(jié)論與基因組學(xué)和轉(zhuǎn)錄組學(xué)等其他組學(xué)的結(jié)論整合在一起。此項(xiàng)目的三家合作機(jī)構(gòu)ISB、耶魯大學(xué)和Advaita Bioinformatics公司都推出了免費(fèi)的應(yīng)用程序，這些應(yīng)用程序?qū)Υ斯ぷ鞣椒ǖ纳钊雽?shí)驗(yàn)室很有幫助，同時(shí)也鋪設(shè)了通向橫跨生命科學(xué)中兩大領(lǐng)域的標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)分析的道路。

編譯：郭浩楠